28.03.2023, 10:00 Uhr
Universität Wien
Besprechungsraum 4.34
Währinger Str. 29
1090 Wien
Titel: „Duplicate Control Regions in Avian Mitochondrial Genomes“
Kurzfassung:
Das mitochondriale Genom der Klasse der Aves unterscheidet sich von denen anderer Vertebraten
durch die Anordnung der Gene im ND5-12S-Bereich. Innerhalb der Vögel werden zwei
verschiedene Typen von Genanordnungen beschrieben, die sich hinsichtlich duplizierten Genen
und Kontrollregionen und deren Anordnung unterscheiden. Da das Mitogenom hinsichtlich
seiner geringen Größe und seiner konservierten Genanordnung selektiert wird (Rand und
Harrision, 1986), ist es momentan nicht geklärt, welche Funktion der Erhalt einer duplizierten
Kontrollregion hat. In der Literatur wird vermutet, dass die verschiedenen Genanordnungen
in Aves auf eine Duplikation gefolgt von Degeneration zurückzuführen sind. In der vorliegenden
Arbeit werden alle vollständigen mitochondrialen Genomsequenzen von Vögeln, die in
der RefSeq-Datenbank vorhanden sind, analysiert. Die unterschiedlichen Genanordnungen
wurden mit Hilfe von BioPython kategorisiert und die intragenomischen Ähnlichkeiten der
paralogen Kontrollregionen unter Verwendung von BLAST verglichen. Schließlich wurde eine
Vorhersage der Sekundärstrukturen mit Hilfe des bioinformatischen Tools RNALalifold des
ViennaRNA-Pakets durchgeführt. Die Kategorisierung anhand der Genanordnung und der
Anwesenheit einer duplizierten Kontrollregion sowie die Ergebnisse der intragenomischen Ähnlichkeitsanalyse
sind in dieser Arbeit zu finden. Die Vorhersage der Sekundärstrukturen war
nicht erfolgreich. Es konnten keine weiteren Schlussfolgerungen hinsichtlich der Funktionalität
duplizierter Kontrollregionen gezogen werden und es konnten keine weiteren phylogenetischen
Erkenntnisse gewonnen werden. Die Arbeit endet mit einer Diskussion der unterschiedlichen
Benennungskonventionen bezüglich duplizierter Kontrollregionen und der Probleme, die durch
veraltete Genominformationen auf RefSeq in Verbindung mit dem Mangel an verfügbaren
Rohsequenzdaten verursacht werden.